มะเกี๋ยง เป็นพืชในอันดับ Myrtales จัดอยู่ในวงศ์ Myrtaceae มีชื่อวิทยาศาสตร์ว่า Cleistocalyx nervosum   var. paniala  ชื่อวิทยาศาสตร์เดิมของมะเกี๋ยงคือ Eugenia paniala Roxb.  ซึ่งเป็นชื่อที่ใช้กันมาตั้งแต่ พ.ศ. 2375 จากการศึกษาทบทวนพรรณไม้ในสกุล Eugenia และ Cleistocalyx ใน พ.ศ. 2536 โดย ดร.ประนอม จันทรโนทัย ได้เสนอให้จัดพืช Eugenia paniala   Roxb. มารวมอยู่ในสกุล Cleistocalyx  และ operculatus  เช่นเดียวกับต้นหว้าขาว (หว้าน้ำหรือหว้าส้ม) โดยได้จำแนกออกเป็นสองชนิดพันธุ์ คือ Cleistocalyx operculatus   var.  paniala  (มะเกี๋ยง) ต่อมาในปี พ.ศ. 2539 ได้มีการศึกษาทบทวนพืชในวงศ์ Myraceae ใหม่อีกครั้งหนึ่งและได้เสนอให้เปลี่ยนชื่อวิทยาศาสตร์ของหว้าขาวและมะเกี๋ยงเป็น Cleistocalyx nervosum  โดยจำแนกออกเป็นสองพันธุ์ คือ Cleistocalyx nervosum  var. nervosum  (หว้าขาว) และ Cleistocalyx nervosum   var paniala  (มะเกี๋ยง)  ความแตกต่างระหว่างพืชสองชนิดพันธุ์นี้อยู่ที่การจัดเรียงหรือจำนวนของดอกในช่อดอกย่อย ขนาดของฐานดอกรูปถ้วย (hypantium) รวมทั้งขนาดและรูปร่างของผล โดยที่มะเกี๋ยงมักมีดอกจำนวน 3 ดอก ติดอยู่รวมกันเป็นกลุ่มช่อดอกย่อย มีฐานดอกรูปถ้วยขนาดใหญ่กว่า 4 มิลลิเมตร ผลรูปไข่ขอบขนาน ( oval-oblong) และมีขนาดเส้นผ่าศูนย์กลางผลมากว่า 1.5 เซนติเมตร ส่วนหว้าขาวมักมีจำนวนดอกในแต่ละช่อดอกย่อยมากว่า 4 ดอก ฐานดอกรูปถ้วยมีขนาดเล็กกว่า 4 มิลลิเมตร ผลรูปกลม (globose) และเส้นผ่าศูนย์กลางผลน้อยกว่า 1.5 เซนติเมตร