ตามที่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงมีพระราชดำริบางประการ เกี่ยวกับการอนุรักษ์พันธุกรรมพืช
     "...การสอนและอบรมให้เด็กมีจิตสำนึกในการอนุรักษ์พืชพรรณนั้น ควรใช้วิธีการปลูกฝังให้เด็กเห็นความงดงาม ความน่าสนใจและเกิดความปิติที่จะทำการศึกษาและอนุรักษ์พืชพรรณต่อไป การใช้วิธีสอนการอบรมที่ให้เกิดความรู้สึกกลัวว่า หากไม่อนุรักษ์แล้วจะเกิดผลเสียเกิดอันตรายต่อตนเอง จะทำให้เด็กเกิดความเครียด ซึ่งจะเป็นผลเสียแก่ประเทศในระยะยาว.."
     โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ ได้ดำเนินงานสนองพระราชดำริ จัดให้มีงาน
 " สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน " เพื่อเป็นสื่อในการสร้างจิตสำนึกด้านการอนุรักษ์พันธุกรรมพืช โดยให้เยาวชนนั้นได้ใกล้ชิดกับพืชพรรณไม้ เห็นคุณค่า ประโยชน์ ความสวยงาม อันจะก่อให้เกิดความคิดที่จะอนุรักษ์พืชพรรณต่อไป
     สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน คือแหล่งรวมพันธุ์พืชชนิดต่างๆ ที่มีชีวิต จัดปลูกตามความเหมาะสมกับสภาพถิ่นอาศัยเดิม มีห้องสมุด สถานที่เก็บรวบรวมตัวอย่างพรรณไม้รักษาสภาพ อาจเป็นตัวอย่างแห้ง ตัวอย่างดอง หรือเก็บรักษาโดยวิธีอื่นๆ พันธุ์พืชที่ทำการวบรวมไว้นั้นจะเป็นแหล่งข้อมูลและการเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับพันธุ์ไม้ นอกจากนี้สามารถใช้เป็นแหล่งพักผ่อนหย่อนใจ ซึ่งสามารถดำเนินการสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนในพื้นที่ของโรงเรียนโดยมีองค์ประกอบดังกล่าวเป็นสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ใช้ในวัตถุประสงค์ของสวนพฤกษศาสตร์ อีกทั้งใช้ในการศึกษาและเป็นประโยชน์ต่อเนื่องในการเรียนการสอนวิชาต่างๆ
     สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนจึงเป็นการดำเนินงานที่อิงรูปแบบของ "สวนพฤกษศาสตร์" โดยมีการรวบรวมพันธุ์ไม้ที่มีชีวิต หาแหล่งข้อมูลพรรณไม้ มีการศึกษาต่อเนื่อง มีการเก็บตัวอย่างพรรณไม้แห้ง พรรณไม้ดอง มีการรวบรวมพันธุ์ไม้ท้องถิ่นเข้ามาปลูกรวบรวมไว้ในโรงเรียนและภูมิปัญญาท้องถิ่น มีการบันทึกรายงานและข้อมูลรวมทั้งภูมิปัญญาท้องถิ่นเกี่ยวกับพันธุ์ไม้ มีมุมสำหรับศึกษาค้นคว้า และมีการนำไปใช้ประโยชน์ เป็นสื่อการเรียนการสอนในวิชาต่างๆ ดำเนินการให้สอดคล้องกับสภาพท้องถิ่นไม่ฝืนธรรมชาติ และเป็นไปตามความสนใจ ความพร้อมของโรงเรียนโดยความสมัครใจ เพื่อไม่ให้เกิดความเครียด การใช้ "สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน" เป็นสื่อในการที่จะให้นักเรียน เยาวชน และประชาชนทั่วไป ได้มีความเข้าใจเห็นความสำคัญของพืชพรรณ เกิดความรัก หวงแหน และรู้จักการนำไปใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืน ซึ่งสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้พระราชทานพระราชดำริ และแนวปฏิบัติให้เป็นงานหนึ่งในกิจกรรมสร้างจิตสำนึกในการอนุรักษ์พันธุกรรมพืช และชัดเจนในคำจำกัดความของ "สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน" ซึ่งจะดำเนินการในพื้นที่โรงเรียน มหาวิทยาลัย หรือสถาบันการศึกษา โดยใช้แนวทางการดำเนินงานตามแบบอย่างสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนในการเป็นที่รวบรวมพรรณไม้มีชีวิต มีการศึกษาต่อเนื่อง มีห้องสมุดที่ใช้ในการศึกษาเก็บตัวอย่างพรรณไม้แห้ง-ดอง แต่ย่อขนาดมาดำเนินการในพื้นที่โรงเรียนหรือสถาบันการศึกษา
     โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ จึงได้จัดการประชุมเพื่อเผยแพร่พระราชดำริและแนวทางการดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนให้กับโรงเรียนมัธยมสังกัดกรมสามัญศึกษา และโรงเรียนประถมศึกษาในสังกัดการประถมศึกษาแห่งชาติ โดยขณะนี้มีโรงเรียนที่รับเป็นสมาชิก 416 โรงเรียน ในทุกเขตพรรณพฤกษชาติ และที่รอเป็นสมาชิกใหม่อีก 550 โรงเรียน
     การดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนควรทำด้วยความสมัครใจเพื่อสอดคล้องกับธรรมชาติไม่ให้เกิดความเครียด มีแนวทางการดำเนินงานที่ชัดเจน เบื้องแรกต้องทำความเข้าใจเรื่องแนวคิดแนวปฏิบัติว่าสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนเป็นสวนใช้ประโยชน์ที่จะนำมาใช้เป็นสื่อการเรียนการสอน สร้างจิตสำนึกในการอนุรักษ์พืชพรรณ มิใช่เป็นสวนประดับ สวนหย่อมหรือสวนสวยโรงเรียนงาม แต่เป็นงานที่เข้ามาสนับสนุนสวนที่มีอยู่แล้ว หรือดำเนินการขึ้นใหม่ซึ่งจะให้ความรู้พัฒนาสภาพแวดล้อมตามลำดับ เป็นงานที่จะดำเนินอย่างต่อเนื่องไม่รู้จบ เพราะสามารถใช้เป็นสื่อการเรียนการสอนที่ไม่ต้องลงทุนเพียงแต่ให้เด็กรู้จักสังเกต เรียนรู้ ตั้งคำถาม และหาคำตอบ เป็นข้อมูลสะสมอันจะก่อให้เกิดความรู้และผู้เชี่ยวชาญในพันธุ์ไม้นั้นๆ รวมทั้งเป็นที่รวบรวมพันธุ์ไม้หายาก พันธุ์ไม้ใกล้สูญพันธุ์ พรรณไม้ที่เป็นประโยชน์ พืชสมุนไพร พืชผักพื้นเมือง เป็นที่รวมภูมิปัญญาท้องถิ่น ซึ่งสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนของโรงเรียนที่เป็นสมาชิกจะเป็นส่วนหนึ่งของ "สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ" ที่เชื่อมต่อด้วยระบบข้อมูล จะเป็นสวนพฤกษศาสตร์ที่ใหญ่ที่สุด เนื่องจากมีกระจายอยู่ทั่วประเทศ มีความหลายหลากของพืชพรรณไม้ภูมิประเทศและความหลายหลากของการปฏิบัติในการนำเอาต้นไม้พืชพรรณในสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนเป็นสื่อการเรียนการสอน
     การดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์มุ่งเน้นให้ดำเนินการโดยนักเรียน มีครูอาจารย์เป็นผู้ให้คำแนะนำสนับสนุน มีผู้บริหารโรงเรียนเป็นหลักและผลักดัน มีโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ เป็นพี่เลี้ยงสนับสนุนทางวิชาการ สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนจึงเป็นการดำเนินงานของโรงเรียนโดยสมัครใจที่จะนำแนวพระราชดำริและแนวทางการดำเนินงานที่โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯให้คำแนะนำมาปฏิบัติ โดยทางโครงการฯ เปิดโอกาสให้แต่ละโรงเรียนดำเนินงานตามความพร้อมไม่ฝืนธรรมชาติ และนำพืชพรรณไม้ในโรงเรียนพัฒนาเป็นสื่อการเรียนการสอนในวิชาต่างๆ อันจะเกิดผลประโยชน์แก่นักเรียน ครู อาจารย์ที่ดำเนินงาน เกิดข้อมูลองค์ความรู้ วิธีการที่จะทำให้เกิดผู้เชี่ยวชาญ สามารถที่จะนำไปใช้เป็นผลงานทางวิชาการเพื่อเสนอขอตำแหน่ง ปรับระดับทางวิชาการต่อไป
     สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนมีวิธีดำเนินการ วัตถุประสงค์ กิจกรรมการดำเนินงานสอดคล้องกับแผนพัฒนาการศึกษาแห่งชาติฉบับที่ 8 นโยบายการปฏิรูปการศึกษาของกระทรวงศึกษาธิการ กรมสามัญศึกษา การประถมศึกษาแห่งชาติ นโยบายส่วนใหญ่ของโรงเรียน และดำเนินการสอดคล้องกับหมวด 4 แนวทางการจัดการศึกษา พระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ.2542
     การดำเนินการในระยะ 5  ปีที่สามของโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ ส่งเสริมให้โรงเรียนที่เป็นสมาชิกดำเนินงานให้มีบรรยากาศสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน มีองค์ประกอบที่ครบถ้วนถูกต้องในรายละเอียดต่างๆ และมีอิสระในการบูรณาการในวิชาต่างๆ โดยมีจำนวนครูและนักเรียนที่เข้าร่วมงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน อันเป็นปัจจัยในการดำเนินงานอย่างยั่งยืน